Wymiennik przeciwprądowy jest jednym z coraz częściej stosowanych wymienników w rekuperatorach przeznaczonych do zastosowań w budownictwie jednorodzinnym. Jego konstrukcja jest udoskonaloną odmianą wymiennika krzyżowego a ulepszenie to uzyskano wydłużając przepływ powietrza przez wymiennik, oraz poprzez skierowanie strumieni powietrza wywiewanego i nawiewanego tak aby przepływały obok siebie lecz w przeciwnych kierunkach.

Komory rekuperatora z wymiennikiem przeciwprądowym, przez które przepływają strumienie powietrza, są szczelne i dzięki temu strumienie powietrza nie mieszają się. Przekazanie energii cieplnej z powietrza wywiewanego do powietrza nawiewanego następuje w ostatnim odcinku wymiennika, czyli w najcieplejszym jego miejscu. Zabieg ten powoduje, że sprawność wymiennika przeciwprądowego jest, wyższa od sprawności wymiennika krzyżowego i w warunkach laboratoryjnych wynosi nawet do 96%. Największą zaletą wymienników przeciwprądowych w stosunku, do wymienników krzyżowych, jest obniżenie temperatury, przy której zachodzi zjawisko szronienia wymiennika. Ponieważ zjawisko to nie zostało wyeliminowane całkowicie, dla bezpieczeństwa, rekuperator z wymiennikiem przeciwprądowym powinien zostać wyposażony w system chroniący przed zamarzaniem. Większość producentów stosuje to jako standard w postaci instalowania nagrzewnicy wstępnej. Centrale wyposażone w wymiennik przeciwprądowy zwykle cechują się wyższą ceną od central z wymiennikiem krzyżowym, jednak różnica w cenie na pewno zwróci się w postaci oszczędności na energii potrzebnej do ogrzania budynku.